اتاق عمل بیمارستان نیکان در طبقه دوم شامل ۱۰ اتاق عمل می باشد که خدمات تخصصی و فوق تخصصی از جمله :
جراحی مغز و اعصاب، لاپاراسکوپی، جراحی زنان ، جراحی ارتوپدی، جراحی قلب باز، جراحی زیبایی و جراحی عمومی و… را با بهترین امکانات و تجهیزات روز دنیا؛ با کادر تحصیل کرده و حرفه ای پزشکان حاذق به صورت ۲۴ ساعته ارائه میدهد.
از مهم ترین ویژگی های اتاق عمل ، امکان مشاوره های قبل از عمل و بررسی کامل بیمار از لحاظ آماده بودن برای عمل جراحی است که توسط گروه اسکجول بیمارستان قابل انجام می‌باشد. همچنین در این مرکز از تجهیزات و امکاناتی از جمله دستگاه های آرتروسکوپی، میکروسکوپ، هیستروسکوپی و دیگر تجهیزات پیشرفته دنیا اعم از تجهیزات کم تهاجمی، جهت کاهش دوره نقاهت و کاهش عوارض عمل های جراحی استفاده می‌شود.
